볼드모트와의 전쟁은 순탄치 않다. 덤블도어가 호그와트를 오랫동안 비운사이 불사조 기사단은 곤경에 빠지게 된다.
여느때와 다름없이 여름 방학을 더슬리 일가에서 보내게 된 해리. 해리는 시리우스 블랙의 죽음과 더불어 우연히 목격한 덤블도어 교수의 볼드모트와의 격렬한 혈투 등으로 머리 속이 너무 복잡하다. 학기가 채 시작되기 전 자신을 방문하겠다는 덤블도어 교수의 의도 또한 의문투성이.

모든 역경 속에서도 시간은 흘러 어느새 6학년이 된 해리포터와 친구들. 말썽많은 위즐리 형제들은 새로운 발명품들을 개발하기에 여념이 없고 청소년으로 훌쩍 자란 아이들은 사랑에 빠지기도, 싸우기도 하면서 분주한 일상을 보낸다.
새로운 마법 수업이 시작되고 언제나 그렇듯 해리는 알 수 없는 경험을 하게 된다. 미지의 Half-Blood Prince로 부터 극적인 도움을 받은 해리. 정체를 알 수 없는 Half-Blood Prince와 해리가 이야기의 축을 이루면서 해리는 볼드모트의 어린 시절에 얽힌 사건을 알게되고, 볼드모트의 취약점이 될지도 모를 무언가를 찾아내기에 이르는데...